К числу самых ранних сохранившихся произведений относятся два терракотовых бюста 1896 года — «Портрет кузины» и «Скупец». Их отличает тяготение к натуралистической трактовке формы.

Дуниковский понимает, что для достижения настоящего мастерства необходимо продолжить учёбу. Ему повезло: «…Некий варшавский богатый мещанин после смерти жены заказал надгробие у Сыревича, а Дуниковский выполнил памятник так прекрасно, что восхищённый заказчик вручил ему значительную сумму. Это позволило ему выехать в Краков и начать занятия…»

Дуниковский учится у профессора Альфреда Дауна. За год до защиты Дуниковским диплома во главе кафедры скульптуры становится молодой профессор Константы Лящка, окончивший в Париже Школу изящных искусств, испытавший влияние импрессионизма.

Благодаря новым веяниям, Дуниковский создаёт «Портрет молодой девушки» (1898) — одну из первых работ, выполненных в импрессионистической манере.

В 1902 году состоялась первая персональная выставка Дуниковского. В начале же 1903 года на страницах одного из журналов появилась и первая обширная рецензия о творчестве молодого скульптора.

Ещё через год, будучи профессором Школы изящных искусств в Варшаве, Дуниковский путешествует по Сирии, Палестине, Италии. Он увидел произведения великих итальянских мастеров, учился у итальянских ваятелей секретам мастерства, рубил мрамор в Карраре, затем во Франции изучал пластику романских и готических соборов.

В 1908 году Дуниковский становится членом объединения польских художников «Искусство» в Кракове. В следующем году он принимает участие в конкурсе на памятник Шопену в Варшаве.

В первые годы нового века Дуниковский создаёт ряд интересных произведений, в том числе «Ева», «Беременные женщины», «Голова Адама Мицкевича».

Это десятилетие прошло в поисках, напряжённой работе и тяжёлых материальных условиях, так как Дуниковский редко получал заказы. Суровая самодисциплина обусловила его поразительную работоспособность. Он мог работать по шестнадцать часов в сутки, что требовало жёсткого режима.

В 1910 году Дуниковский возвращается в Краков. Он делает многофигурную композицию для портала костёла иезуитов в Кракове, построенного по проекту Францишека Мончиньского. Через год художник получает вторую премию на конкурсе за статую «Мадонна». В 1912 году его избирают председателем «Искусства».

В 1914 году Дуниковский уезжает в Париж. Здесь он пробыл недолго и вскоре переехал в Лондон, где присоединился к труппе Дягилева. Однако вскоре начало Первой мировой прервало гастроли дягилевской труппы. Дуниковскому как австрийскому подданному грозило интернирование. В августе скульптору удалось выехать во Францию. Он записывается добровольцем в Национальный легион. Так, будучи уже немолодым человеком он попадает на театр военных действий. Ранение выводит его из строя, и 19 ноября 1914 года он снова оказался в Париже.

Парижский период — весьма плодотворный в жизни скульптора. Блестящи его успехи в жанре портрета. Он работает в маленькой нетопленой мастерской на Монмартре, где тесно и самому скульптору, и его произведениям. Денег на материалы и натуру постоянно не хватает. Выручают друзья. Поклонник таланта Ксаверия Дуниковского, его давний друг Антуан Черпликовский, понимая стеснённое положение скульптора, одну за другой покупает его работы.

В первые годы пребывания в Париже Дуниковский выполняет «Голову доктора Любельского» (1914), врача парижской клиники. Скульптор словно отдал дань Родену, искусство которого в эти годы ощущалось пройденным этапом.

Другая работа — «Голова мексиканца Демесса» (1917–1920), выполненная несколькими годами позже, свидетельствовала об ином творческом подходе. Сохраняя прежний реалистический подход к натуре, Дуниковский обогащает его использованием элементов греческой архаической пластики.

Дуниковский создаёт серию женских скульптурных образов. Это монументализированные портреты-типы: «Американка», «Француженка», «Полька». Всё большее место в его творчестве занимают стилизация и декоративность. «Голова греческого певца», которую скульптор вылепил за несколько часов, отличается чёткими скульптурными объёмами. Это памятник непокорённому величию народа Греции.

В 1923 году Ксаверий Дуниковский возвращается в Польшу. С неудержимой силой его потянуло в родной Краков. Когда в 1925 году началась реставрация Вавельского замка, ему предложили создать серию деревянных полихромных голов для Посольского зала. Из 194 к этому времени их осталось всего 30.

Прежде чем приступить к реставрационной работе, Дуниковский изучает эпоху, собирает исторические материалы, читает описания нравов и обычаев того времени.

«Скульптор задумал эту серию как галерею портретов польских деятелей и исторических и современных, — пишет С. С. Валериус. — Создав за четыре года почти 60 портретов, из них в полихромном дереве 15, он прервал эту работу, но вновь вернулся к ней в начале 50-х годов. На этом этапе особенно ярко проявилась широта исторического мышления художника. Мы встречаемся в „Вавельской серии“ с попыткой, интереснейшей и в плане социально-историческом, философском и в плане чисто художественном. Дуниковский смело решает добавить в галерею и изображения выдающихся деятелей революционных эпох и социалистической современности, включая их в единое архитектурное пространство. Нельзя не отметить одного важного обстоятельства — автор трактует образы крупнейших деятелей культуры разных эпох с точки зрения социалистической современности. Это выражено в самом отборе моделей, в том, что скульптор подчёркивает в людях столь разных характеров активное ищущее начало, эмоциональную напряжённость мысли. Осваивая современные пластические формы в деревянной полихромной скульптуре, он, таким образом, творчески перерабатывает художественную традицию прошлого. Поражают и серия в целом и характер решения каждой из этих голов, столь необычных по приёму, — полихромных, острых по психологическим характеристикам, по эмоциональной выразительности».

«Головы» прославили скульптора, в Польше его стали называть мастером «Вавельских голов».

В 1927 году начался период блистательных зарубежных вояжей «Вавельских голов». Прага, Вена, Брюссель, Будапешт, Бухарест, Копенгаген и другие города с восторгом встречали произведения Дуниковского.

Сам мастер тем временем продолжает украшать своими творениями Краков. Он исполняет барельефы для фасада Шлёнской духовной семинарии, работает над композициями для костёла в Катовицах и в Вавже. Затем скульптор получает заказ на исполнение памятника Юзефу Дитлю — известному врачу, ректору Краковского университета и президенту Кракова в XIX веке.

«Дуниковский работает над памятником около двух лет в тесной мастерской, не имея достаточных материальных средств, — пишет Л. Дербушева. — Трёхметровая бронзовая скульптура пожилого мужчины в ректорской мантии с жезлом в руке возвышается на фоне ренессансного епископского дворца, на Плантах Краковских. Тяжёлые складки мантии медленно ниспадают, подчёркивая тяжёлую поступь Дитля. Формы монумента, весомые и торжественные, созвучны старинным зданиям, окружающим его».

В 1939 году Польшу оккупируют гитлеровцы. Дуниковский остаётся в родном городе, где в трёх ателье хранились почти все его произведения.

Как прогрессивно настроенный польский интеллигент, Дуниковский в июне 1940 года попадает в концентрационный лагерь Освенцим. Только хорошая физическая закалка и крепкое здоровье не раз спасали художника от смерти — когда он болел тифом, когда его раздетым выводили на мороз и обливали водой…

Работая в столярной мастерской, он продолжал рисовать. Дуниковский выполнил много рисунков, набросков, портретов товарищей по лагерю.

В 1945 году после освобождения Советской армией узников Освенцима Дуниковский около года лежал в больнице. Он переносил тяжёлые операции… и не переставал работать.

Когда объявили конкурс на «Памятник силезским повстанцам», Дуниковский с большой радостью принял в нём участие. С вдохновением скульптор работал над ним с 1946 по 1952 год. В 1955 году памятник установили на горе Святой Анны, в Опольской Силезии, где шли кровопролитные бои с фашистами.